寺伝によると、約1300年前に聖武天皇より「生石山」の山号を賜り、「丸山」という丘に本尊聖観音を祀ったのが寳積寺の始まりとされます。
時代は下って1556（弘治2）年、寺を南江戸のお寺（大寶寺）に移し、「寳積坊（ほうしゃくぼう）」と名付けましたが、15代続いた1908（明治41）年、堂宇が火災により焼失。一方、現在の寳積寺には「寳蔵寺（ほうぞうじ）」というお寺があったそうですが、廃寺となりました。
そのため、その跡地へ寳積坊を移し、1911（明治44）年には現本堂を再建。名称も「寳積寺」として新たなスタートを迎えたといわれています。その長い歴史は、大勢の先人たちの努力と協力の賜物であったことはいうまでもありません。